中药学院始建于1984年，是吉林农业科技学院的特色学院和骨干学院之一。现有中药学、中药资源与开发、中草药栽培与鉴定3个本科专业及1个中药学专科专业。其中：中药学学科被评为吉林省高校“十二五”优势特色重点学科，“十三五”和“十四五”校级重点学科；中药资源与开发专业被评为吉林省高等学校“十二五”本科特色专业、“十三五”省级高水平专业、“十四五”省级一流专业；中草药栽培与鉴定专业实践教学团队被评为省级优秀教学团队；2020年，学院开始实行中药学类大类招生，现有在校学生1400余人。

现有专职教师58人，其中教授10人，副教授17人，博士研究生24人，占比41.4%，硕士以上比例94.8%，硕士生导师11人；其中：省突出贡献专家2人，省第六批拔尖创新人才1人，省教学名师2人，省C类人才1人，D类人才4人，吉林省科技特派员22人，吉林省企业“科创专员”8人，具有企业行业背景师资达20人，占34.5%。已形成理论基础扎实，实践能力强，职称、年龄、学缘结构合理的应用型人才培养的师资队伍。

现有中药化学、中药分析、中药加工、中药制剂、中药鉴定等22个实验室，总面积为3000多平方米，仪器设备总值3000多万元，配备高效液相色谱仪、气相色谱仪、原子吸收光谱仪等检测分析设备，软胶囊、滴丸剂，打片机等制剂设备。2013年获批长白山动植物资源利用与保护省级重点实验室；2014年获批吉林省高等学校人参高端科技创新平台；2015年获批校企融合培养中草药种植与加工应用型人才培养模式省级创新实验区；2017年获批吉林省道地药材生产技术省级重点实验室；2022年获批道地中药资源与临床应用省级重点研究室；2023年获批林源产品精深加工吉林省校企联合技术创新实验室；

学院校内实训实习基地占地约35公顷，其中：人参温室、药材生产田25公顷，药用植物种质资源活体保存圃4.5公顷，保存药用种质资源300余种，涵盖了北方大部分药用植物，是目前东北地区面积最大、种类最多的药用植物种质资源保存基地。

学院根据专业领域集中的特点，构建“5+6”核心课程结构，形成“通基础，强核心，重技能，宽拓展”的专业课程体系设计，在实践环节践行“感知实践-认知实践-岗位实践”3段式“双循环”实践教学体系。坚持校企合作，产教融合，科教融合，充分利用行业背景师资的潜在作用，在教学中能够与行业产业发展紧密对接，为应用型高素质人才培养提供有力支撑。近年来，获批省级教研项目15项、校级实训项目36项；获批省级教研成果三等奖2项、省级优秀教材二等奖、三等奖各1项、省级耕读教育基地1项、省级精品耕读实践项目1项、省级课程思政案例1项、省级优秀线上多媒体课件3个，公开出版教材15部。

近年来，聚焦东北特色药材资源保护、优质道地药材高质量可持续供给、中药资源综合开发与利用等领域，开展科研工作，获批省级以上科研课题共100多项，其中，主持国家重点研发项目1项，总经费5000万元；国家自然基金项目3项；荣获省部级科技进步二等奖2项、三等奖3项；审定玉竹新品种“吉竹1号”1个，制定省地方标准3个；发表论文300篇，其中SCI论文100余篇；授权专利20余项；选派15名教师从事科教兴农工作，建立乡村振兴专家工作站2个、科技小院2个，推广实用技术13项，创造经济效益4000余万元。

学院高度重视学生就业工作，已形成就业导师、学业导师、辅导员、班主任四位一体的一对一就业指导模式。学院与中国中药控股有限公司、石药集团、吉林敖东药业集团股份有限公司等60多家单位建立稳定的校外实习实训及就业基地，已累计向社会输送近万名毕业生，近5年考取研究生273人，录取院校包括中国药科大学、沈阳药科大学、北京中医药大学、南京中医药大学、天津中医药大学、成都中医药大学、浙江中医药大学等；2023年就业率93.92%，就业对口度88.14%，连续四年用人满意度均在97%以上，大部分毕业生已成为所在行业和单位的技术骨干。